বিচার শেষে একই বছরের ৩০ অক্টোবর ঢাকার মহানগর নয় নম্বর বিশেষ ট্রাইবুন্যাল আদালত বাবরকে ১৭ বছরের কারাদণ্ড দেন।এ রায়ের বিরুদ্ধে তিনি হাইকোর্টে ২০০৭ সালেই আপিল করেন। সেই আপিলের শুনানি শেষে বুধবার রায়ের জন্য দিন রাখা হয়।সেনা সমর্থিত সাবেক তত্ত্বাবধায়ক সরকারের সময় ২০০৭ সালের ২৮ মে আটক হন লুৎফুজ্জামান বাবর। সেই থেকে প্রায় ১৭ বছর কারাবন্দি ছিলেন বিএনপির এই নেতা।

এরপর বিভিন্ন মামলায় তার দণ্ড হয়। সেই সব মামলা থেকে খালাস ও জামিনের পর ১৬ জানুয়ারি ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগার থেকে মুক্ত হন তিনি।